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소장과 감사부가 존재하고, 소장 밑에 부소장과 정책협력부, 제2 쇄빙연구선 건조사업단, 극지인프라 운영부가 존재하고, 부소장 밑에는 극지기후과학연구부, 극지지구시스템연구부, 극지생명과학연구부, 극지해양과학연구부, 극지고환경연구부, k-루트사업단, 해수면변동예측사업단, 극지유전체사업단, 북극해빙예측사업단이 존재하고, 정책협력부 밑에는 KOPRI-NPI극지연구협력센터, 한칠레 남극 협력센터, 한뉴질랜드 남극 협력센터, 미래전략실, 국제협력팀, 홍보팀이 존재하고, 극지인프라 운영부 밑에는 남극세종과학기지, 남극장보고과학기지, 북극다산과학기지, 쇄빙연구선 아라온, 기술지원실, 기지지원팀, 쇄빙선운영팀이 존재하고, 기획부 아래엔 기획예산팀, 연구관리팀이 존재하고, 행정부 아래엔 지식정보실, 인사팀, 재부팀, 총무자재팀, 시설보안팀이 존재한다.
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